汕尾开放大学是由汕尾市人民政府举办、市教育局主管的新型高等学校。市政府通过规划引导、经费投入、政策支持和监督评价等方式对学校进行宏观管理。成立汕尾终身教育指导委员会，指导汕尾地区终身教育事业不断创新发展。

汕尾开放大学具备独立法人资格，机构为正处级设置，按照地方办学、体系管理的原则，实行党组织领导下的校长负责制。汕尾开放大学与汕尾社区大学实行“两块牌子、一套人马”的运行管理模式。学校在校长的领导下，探索适合自身办学发展的人才培养体制、人事管理体制、科研管理体制、后勤管理体制和社会服务机制。

汕尾开放大学是广东开放大学体系的重要组成部分，业务上接受广东开放大学的指导，共享全省优质教育资源。在统一教育质量标准的基础上，以广东开放大学为依托，建立教育成本分担与分配、资源整合与共建共享、社会化服务、激励与协调、质量保障与评价等运行机制。

汕尾开放大学与县（市）开放大学之间，统筹建设集教学、科研、管理、服务于一体的网络平台，共同搭建全体社会成员终身教育服务平台，实现优质学习资源的充分流动和共享。汕尾开放大学与县（市）开放大学以及乡镇、街道学习中心之间开展合作办学并对其进行业务指导，在资源建设、学分互认、师资培训等方面分工合作，互为补充，共同发展。

汕尾开放大学按照“精简、统一、高效、协调”的原则设立内设机构，拟设置办公室、组织人事处、招生与合作办学处、教务处（包括奥鹏学习中心）、教学科研处、培训部、总务处、实验中心（信息技术中心）。